حصلت كلية طب القوات المسلحة على شهادة الأيزو (21001) نظام إدارة المؤسسات التعليمية لفحص كافة العمليات المتعلقة بجودة العملية التعليمية لعام 2018. كما حصلت على شهادة الأيزو (22000). عام 2018، نظام إدارة سلامة الغذاء لمراجعة جميع العمليات المتعلقة بإنتاج الغذاء وفقا لمعايير ومتطلبات المواصفة الدولية ISO.
وفي ذات السياق جددت الجامعة شهادات الأيزو التي حصلت عليها سابقاً وهي الأيزو (9001) للعام 2015 ونظام إدارة الجودة والأيزو (14001) للعام 2015 ونظام الإدارة البيئية والأيزو (45001) للعام 2018، نظام إدارة السلامة والصحة المهنية.
اللواء د. وأكد أيمن محمد شوقي مدير كلية الطب بالقوات المسلحة اهتمام القيادة العامة للقوات المسلحة بتوفير الإمكانيات اللازمة لتطوير منظومة التعليم والبحث داخل الكلية حتى تتمكن من أداء رسالتها في تدريب أجيال من العاملين في المجال الطبي. جميع التخصصات لتحقيق رؤية مصر 2030 من خلال تقديم تعليم ذو جودة متميزة في مختلف التخصصات الطبية ومواكبة كل ما هو جديد في العلوم الطبية الحديثة.